Les premiers signes peuvent être de légers changements dans le caractère ou l’humeur. Etourderies, maladresses, petits gestes rapides et incontrôlés des doigts ou des orteils («bougeotte»), peuvent être des indices du début de la maladie. En général on ne demande pas d’avis médical pendant cette période très précoce de la maladie, et il peut se passer plusieurs années avant que le diagnostic ne soit fait. Les premiers symptômes légers sont peu évidents et l’émergence de la maladie est lente.

La MH est caractérisée par des troubles du mouvement, des troubles du comportement et des troubles cognitifs. La nature et la gravité des symptômes, ainsi que l’âge d’apparition et la vitesse de progression, sont très variables d’une personne à l’autre, ainsi qu’à l’intérieur d’une famille. Par exemple, un malade montrera des troubles des mouvements très importants, mais des symptômes psychiatriques et une détérioration intellectuelle légers, alors qu’un autre souffrira de dépression et d’anxiété pendant des années avant de manifester des mouvements anormaux.
 
L’un des symptômes moteurs les plus caractéristiques de la MH est la chorée (mouvements involontaires, qui évoquaient aux anciens la danse). Ce mot vient du grec «khoreia» qui signifie danse. Au début de la maladie, ces mouvements se produisent rarement et n’ont pas une grande amplitude. Les personnes affectées ont également une difficulté à accomplir les mouvements qu’ils veulent faire (bradykinésie), d’où un ralentissement de leurs mouvements.

Au fur et à mesure de la progression de la maladie, ces symptômes deviennent de plus en plus marqués. A un stade intermédiaire, la chorée provoque des mouvements assez amples des membres, du visage et du tronc. Le ralentissement des mouvements voulus par le malade s’aggrave mais peut être masqué par la chorée. De plus, on voit apparaître des contractions des muscles anormalement longues et prolongées (dystonie) qui provoquent des mouvements de torsion répétés et des postures anormales. Les signes moteurs de la MH sont à ce stade un mélange de chorée, de bradykinésie et de dystonie, qui affectent la posture, l’équilibre et la démarche. Dans certains cas la personne pourra avoir l’air raide et coincé. Des anomalies oculomotrices (mouvements de l’oeil) sont également fréquentes. Le patient commence à rencontrer des difficultés d’élocution, et des problèmes pour avaler la nourriture peuvent aussi apparaître, ce qui conduit souvent à une perte de poids. Le recours à un orthophoniste et à un diététicien sont alors très utiles.

Outre les problèmes moteurs que l’on vient de décrire, la maladie de Huntington provoque sur un plan psychiatrique des changements de caractère et de comportement. Les symptômes psychiatriques les plus caractéristiques que l’on observe dans la MH sont la dépression, l’apathie, l’anxiété, l’irritabilité, les explosions de colère, l’impulsivité, les troubles obsessionnels compulsifs (TOC), les troubles du sommeil et l’absence de sociabilité. Les patients sont parfois aussi sujets à des délires (croyances erronées) et à des hallucinations (visions, auditions ou sensations de choses qui n’existent pas).

La MH se caractérise également par une déficience croissante des fonctions cognitives : compréhension, raisonnement, jugement et mémoire. Les symptômes cognitifs comportent un ralentissement de la réflexion, des difficultés de concentration, d’organisation, de planification et de prise de décisions. La mémoire à court terme est défaillante et la capacité à saisir et comprendre de nouvelles informations ainsi qu’à résoudre des problèmes est altérée.

Il existe également d’autres symptômes qui apparaissent souvent au cours de la maladie, dont la perte de poids, les troubles du sommeil et l’incontinence urinaire.

Selon une classification établie par le Dr Ira Shoulson, la progression de la MH peut être caractérisée par une approche en cinq stades :

• Stade précoce : La personne est diagnostiquée comme ayant la MH, mais peut fonctionner normalement, tant au domicile qu’au travail.
• Stade intermédiaire précoce : La personne reste apte au travail mais avec une capacité amoindrie. Il/elle est encore capable d’accomplir les tâches de la vie quotidienne mais éprouve quelques difficultés.
• Stade intermédiaire avancé : La personne ne peut plus travailler ni assumer les responsabilités  omestiques. Il/elle a besoin d’aide ou de surveillance importante pour pouvoir gérer ses comptes. Les utres activités quotidiennes peuvent être quelque peu difficiles, mais le plus souvent ne nécessitent qu’une aide mineure.
• Stade pré-avancé : La personne n'est plus indépendante au quotidien, mais est encore capable de vivre chez elle avec l’aide de sa famille ou de personnel d’accompagnement.
• Stade avancé : La personne doit être totalement prise en charge pour les activités de la vie quotidienne et des soins infirmiers sont nécessaires.

Lorsque la MH débute tôt dans la vie (avant 20 ans), les mouvements choréiques sont moins marqués, alors que la lenteur des mouvements (bradykinésie) et la raideur sont plus importantes. Dans la plupart des cas, la forme juvénile de la MH progresse de façon plus rapide que la forme adulte.Dans la forme juvénile, on dénote en premier lieu d’importants changements de comportement, des problèmes d’apprentissage suivis par une baisse du niveau scolaire et des troubles d’élocution. Il peut se produire des crises d’épilepsie, plus fréquemment chez les jeunes patients.

Lorsque la MH débute tardivement, la chorée tend à être moins forte et la lenteur et la rigidité sont moins apparentes. Si la MH se manifeste alors que la personne a un âge avancé, il est plus difficile d’établir ses antécédents familiaux, ses parents étant sans doute déjà décédés, peut-être même avant d’avoir développé les symptômes de la maladie.