Kromosomer innholder gener, som er de grunnleggende deler av arvmassen. Et gen er en rekke DNA (deoksyribonukleinsyre), som koder for et gitt protein. DNA en er en polymer (lang kjede) som er oppbygd av nukleotider, som har et dobbeltspiral  som struktur. En nukleotid er en kjemisk forbindelse som består av en base (adenin, guanin, cytosin og thymin), forbundet med et sukkermolekyl (deoxyribose) og en fosfatgruppe. DNA er bærer av den genetiske informasjonen, som blir oversatt i spesifikke aminosyrer innenfor proteinet som bruker den ”genetiske koden”.
 
Mennesker har to kopier (også kalt alleler) av hvert gen, ett arvet fra hver av foreldrene. En menneskecelle innholder 23 par kromosomer. I hvert par er det et kromosom fra far og et fra mor.
 
HS er en arvelig genetisk sykdom som er forårsaket av mutasjoner i et gen (HS genet), som finnes i alle cellene i kroppen helt fra befruktning. Det innebærer at HS kan arves fra en generasjon til den neste.
 
HS er en autosomal genetisk sykdom. Det betyr at den berører menn og kvinner likt, fordi det unormale genet er lokalisert på et kromosom som er det samme for begge kjønn (autosom eller ikke-kjønnskromosom).
 
De aller fleste har to forskjellige kopier av genet:en normal kopi fra den friske av forelderen og en unormal kopi fra den berørte forelderen. I spesielle tilfeller, hvis begge foreldre er rammet av HS, kan barna arve to unormale kopier av genet (en av hver forelder). I et slikt tilfelle er barnet homozygot (de har to de like kopier av genet).
 
At sykdommen er dominant betyr at det er nok med en unormal genkopi fra en av foreldrene for å arve sykdommen. Med andre ord: mutasjonen i HS-genet dominerer over den normale kopien fra den av foreldrene som ikker rammet.
 
I 1993, identifiserte forskere genet som forårsaker HS. Genet som er lokalisert på kromosom 4, koder et protein som kalles huntingtin (Htt). I første del av HS genet er det en sekvens av tre nukleotider, cytosin-adenin-guanin (CAG), som repeteres flere ganger (…CAG-CAG-CAG-CAG-CAG….). Det heter en ”trinukleotide repetisjon”. I overensstemmelse med en genetisk kode, koder den trinukleotiden CAG for aminosyren glycin/glutamin. Slik gir en sekvens av CAG repetisjoner opphav til en kjede av glutaminer eller en ”polyglutamin”.
 
En trinukleotide repetisjon med lengde på inntil 35 er betraktet som normal. Hvis HS-  genet har over på 39 eller flere CAG repetisjoner, endrer Huntingtinet seg og sykdommen utvikles innenfor et normalt livsløp. Oppsummert: HS er forårsaket av en  forlenget trinukleotid repetisjon og er en av flere polyglutamin sykdommer.